Ketua Umum DPP PAN dipilih secara periodik melalui Kongres lima tahunan. Setidaknya PAN sudah mengadakan Kongres sebanyak 4 dan masih dengan tradisi 1 Ketua Umum hanya 1 periode maka sampe saat ini setidaknya ada 4 tokoh yang pernah atau sedang menahkodai partai berlambang mata hari ini Berikut adalah nama beserta profil singkat pimpinan Partai Amanan Nasional:
Ketua MPR RI 1999 – 2004 yang dipilih oleh MPR hasil pemilu 1999 pada bulan Oktober 1999 ini adalah pendiri sekaligus Ketua Umum DPP PAN yang pertama. Salah satu yokoh yang membawa Gerakan Reformasi 1998 bersama Megawati Soekarno Purti, KH Abdurhman Wahid, dan Sri Sultan Hamengkubuwono IX ini turut mendeklarasikan berdirinya PAN pada tahun 1998. Mantan Ketua Umum PP Muhammadiah periode 1995 – 2000 ini menjabat sebagai Ketua Umum PAN hingga 2005, sebelum diadakannya Kongres PAN ke-2 untuk pemilihan ketua umum selanjutnya. Terakhir, pria yang berkontribusi besar pada pemilihan Presiden 1999 ini menjabat sebagai Ketua Majelis Pertimbangan Partai dari Partai Amanat Nasional (Ketua MPP PAN) tahun 2005 hingga tahun 2015.
Terpilih melalui voting a lot dalam Kongres PAN ke-2 di Semarang 10 April 2005 yang bertepatan dengan ulang tahun kelahirannya ke 48, pria yang pernah menjadi Anggota Majelis Ekonomi PP Muhammadiyah ini kemudian menjabat sebagai Ketua Umum DPP PAN menggantikan Amien Rais. Setelah menjabat sebagai Ketua Umum DPP PAN hingga tahun 2010, Soetrisno Bachir mendapatkan amanah sebagai Ketua Umum Perhimpunan KBn PII (Pelajar Islam Indonesia) pada tahun 2011 hingga tahun 2015. Pada tahun 2015 ini ia terpilih secara aklamasi menjadi Ketua PAN menggantikan Amien Rais.
Mantan Menteri Riset dan Teknologi periode 2001 – 2004 ini tepilih secara aklamasi menjadi Ketua Umum DPP PAN pada Kongres PAN ke-3 tanggal 9 Januari 2010 di Batam. Sebelumnya pada tahun 2000 hingga 2005, mantan Menteri Perhubungan periode 2004 – 2007 ini pernah menjabat sebagai Sekretaris Jendral DPP PAN pada tahun 2000 hingga 2005. Pada pemilihan Presiden Juli 2014, mantan Menteri Sekretaris Negara periode 2007 -2009 ini turut mencalonkan diri sebagai calon wakil presiden yang diusung oleh PAN mendampingi Prabowo Subianto. Namun, mantan Menteri Koordinator Bidang Perekonomian yang mejabat sejak 22 Oktober 2009 hingga tahun 2014 ini kalah dari pasangan Jokowi dan Jusuf Kalla. Ketua Dewan Pembina Yayasan Institut Teknologi dan Sains Bandung mengakhiri jabatan sebagai Ketua Umum DPP PAN pada tahun 2015 dan mencoba mencalonkan diri kembali sebagai Ketua Umum DPP PAN pada Kongres PAN ke-4 di Bali namun kalah dari pesaingnya Zulkifli Hasan yang kini menjababat sebagai Ketua Umum DPP PAN periode 2015- 2020.
Ketua MPR RI periode 2014 – 2019 ini terpilih menjadi Ketua Umum PAN pada Kongres PAN ke-4 di Bali pada 1 Maret 2015. Mantan Menteri Kehutanan yang menjabar sejak 22 Oktober 2009 hingga 1 Oktober 2014 ini terpilih menjadi Ketua Umum DPP PAN melalui pemungutan suara yang sangat ketat dengan 6 suara dari petahana, Hatta Rajasa dimana Zulkifli Hasan memperoleh 292 suara sedangkan Hatta Rajasa 286 suara Ketua Fraksi PAN DPR RI periode 2004 -2009 sekaligus yang pernah terpilih menjadi anggota DPR RI pada pemilihan umum 2004, 2009 dan 2014 ini sebelumnya pernah menjadi Sekretaris Jenderal DPP PAN pada tahun 2005-2010 di bawah kepemimpinan Soetrisno Bachir.